Hallo Professor,
das ist in der Tat ein seltsamer Fall. Soweit ich den Zahllauf kenne, zahlt das System solange nicht bis sich die Gutschrift mit der Rechnung auflöst. Dh, erst wenn der Rechnungsbetrag die Gutschrift übersteigt, wird gezahlt.
Die im Zahlwege-Customizing hinterlegten Belegarten "managen" ja nur den Ausgleichsvorgang. Ein möglicher Lieferantenskonto wird direkt bei der Buchung erzeugt und nicht erst im Zahllauf.
Wenn du das nicht schon gemacht hast, würde ich noch ins Job-Log schauen, ob dort was aufschlussreiches reingeschrieben wird. Und sonst bei der SAP direkt anfragen, wie eine solche Konstellation zu stande kommt.
Schönen Gruß!
André