Das Customizing bietet dir diese Möglichkeit nicht. Hier kann man nur den Status einer Meldung beeinflussen (aus einem Error ein Warning machen z.B.). Dies aber nur generell und nicht belegartweise.
Wenn es unbedingt sein muss, würde ich per SE91 für die Fehlernummer den Verwendungsnachweis bemühen, um festzustellen, in welchen Programmen der Fehler vergeben wird. Diese Programme müssten dann modifiziert werden, um die Message nur bei Belegart NB auszugeben.
Andererseits würde ich auf Standardmodifikationen nur zurückgreifen, wenn sich ein Geschäftsprozess anders überhaupt nicht darstellen ließe. Davon kann aber bei einer lediglich wegzudrückenden Warnmeldung nicht die Rede sein.